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下列图中黑色虚线内为当代南京市行政区划范围。
先秦时期，今南京市地区先后归属过吴、越、楚等国。待秦一统六国，设郡置县，逐纳入全国的行政区划中。
秦朝上图为秦朝末期。此时今南京市境内存在上图三县，分属东海郡和会稽郡。会稽郡治吴县（今苏州市），东海郡治郯县（今山东郯城）。
秣陵县，秦置，位于今江宁区秣陵街道。秣陵县和今南京市区行政建制的起源有关，但并不是今南京市区的行政建制的起源。其本身在隋朝时期废，并未延续下来。
堂邑县，秦置，位于今六合区北。明确说明，堂邑县并不是如今六合区行政建制的起源，其本身在隋开皇四年(年)废入六合县，未延续下来。
丹阳县，秦置，位于今江宁区丹阳镇。丹阳县就是如今南京市和芜湖市交界处的两个丹阳镇行政建制的起源，和丹阳市并没有关系。其在唐朝贞观年间并入当涂县，未延续下来。
西汉上图为公元7年西汉时期。此时今南京市境内存在上图四县，分属临淮郡和丹阳郡。临淮郡治徐县（今盱眙县境内），丹阳郡治宛陵县（今宣城市）。
胡孰县，西汉置，位于今江宁区湖熟街道。东汉改为湖熟县，东吴改为典农都尉，后复为县。隋朝初期废，未延续下来。
西汉时，堂邑县曾改为侯国。首任堂邑侯为陈婴，其后人中有汉武帝刘彻的第一任皇后陈阿娇。
西晋上图为公元年西晋时期。此时南京市境内存在上图四县，分属丹阳郡和临淮国。此时的建邺县为扬州治所，关于建邺县的起源，还是要继续从秣陵县的行政建制变革说起。
东汉建安十七年(年)，孙权改秣陵县为建业县，并移治今南京市区。西晋太康元年(年)，晋灭吴，又把建业县改名为秣陵县。太康三年将秣陵县分为两县，秦淮河北为建邺县，南为秣陵县，便是上图的行政区划。
江宁县，西晋太康元年(年)分秣陵县置，初名临江县，第二年改为江宁县，即今南京市区行政建制的起源。此时的县城在今江宁区江宁街道，尚未迁至今南京市。
隋朝上图为公元年隋朝时期。此时今南京市境内存在上图三县，分属江都郡和丹阳郡。之前的建邺县和秣陵县此时均被并入江宁县，江宁县也迁至今南京市区。
上图中的丹阳郡，我想大家都猜不到他行政建制的来源。他是扬州行政建制的延续，没错，就是在汉朝的那个扬州，曾经管辖东南半壁的扬州。
扬州在南北朝时期辖区越来越小，隋朝时先改为蒋州，后再改为丹阳郡，便是上图的行政区划。
六合县，东晋安帝时侨置。初名尉氏县，后授予实土，隋开皇四年()改名为六合县，即今六合区行政建制的起源。县城同今，延续至今。
溧水县，隋开皇十一年(年)置，即今溧水区行政建制的起源。
唐朝上图为公元年元朝时期。此时今南京市境内存在上图三县，分属润州、宣州、扬州。之前的丹阳郡后又改名为扬州，并在隋朝末年被废，和上图的扬州并没有关系。
虽然在唐朝之前，今南京市地区存在多个地级或省级行政机构，但都不是后来南京市地级行政建制的起源。唐至德二载(年)，置江宁郡，这才是后来南京地级行政建制的起源。
北宋上图为公元年北宋时期。此时今南京市境内存在上图四县，分属江宁府和真州。上文提到的江宁郡几经改名，在北宋天禧二年(年)改为江宁府，便是上图的行政区划。
此时上元和江宁两县同城而治，共为江宁府治所，江宁府则是江南东路的治所。
但这个江宁县不是隋唐时期的江宁县，而是五代吴天祐十四年分上元县置，这个上元县才是之前的隋唐时期的江宁县改名而来。
元朝上图为公元年元朝时期。和北宋时期相比，溧水县改为溧水州，江宁府改为集庆路，其余无大变化。
明朝上图为公元年明朝时期。此时今南京市境内存在上图六县，均属应天府管辖。
高淳县，明弘治四年(年)析溧水县西南置，即今高淳区行政建制的起源。
江浦县，明洪武九年(年)置。该县一直延续到年，和浦口区合并。
清朝上图为公元年清朝时期。和明朝时期相比，应天府改为江宁府，辖区少了溧阳县（清雍正八年划归镇江府）。
民国初期上图为公元年民国初期。此时今南京市境内存在上图五县，均属金陵道管辖。年废除道制，各县直属省管辖。
同样在年，南京市成立，为首都。后陆续改为南京特别市，南京院辖市，南京直辖市。年，成为省辖市。
建国初期上图为公元年建国初期。此时南京已经是省辖市，辖区只有城区和近郊。今南京市北部属扬州专区管辖，南部属镇江专区管辖。
年，六合、江浦、江宁三县划入，年又划出。年，江浦县、江宁县划入。年，六合县划入。年，高淳、溧水二县划入。
当代随着年南京市明确为副省级（行政区划类别上仍为省辖市），逐渐成今日的行政区划。
纵观南京市行政区划史，秦朝时期其境内置有三县，不过这三县的行政建制都没延续下来。而现存的县级行政机构中，当属南京几大市区的行政建制最为悠久，可以追溯到西晋太康元年(年)建制的江宁县。
上文也说过，唐朝之前今南京市境内有过不少地级行政机构，但都不是今南京市地级行政建制的起源。唐至德二载(年)新置的江宁郡才是，至今有一千两百多年。
最后说说句容市，历史上的句容县从唐朝中期开始，就属南京市的前身管辖，持续了上千年。建国后才从南京分离，最终划给镇江，成今天的行政区划。
已完结川、鄂、赣、桂、贵、闽、皖、湘、粤、浙行政区划史，